C’est l’étude du ou des mécanismes responsables du déclenchement et du développement d’une maladie. La pathogenèse fait intervenir souvent plusieurs mécanismes pathologiques pour une seule maladie dans lesquels les gènes, l’environnement, le conditionnement, l’individu (comme esprit unique et corps unique) et d’autres facteurs très nombreux jouent un rôle important.