Elisabeth TEXEIRA, GenHotel-EA3886, University EA3886, EVRY
La polyarthrite rhumatoïde (PR) est une maladie complexe dans laquelle la composante génétique, non encore complètement identifiée, joue un rôle important. Les analyses d’association génome entier menées dans la PR ont testé l’hypothèse « variant fréquent – maladie fréquente » mais n’ont pas permis la mise en évidence de variants rares qui pourraient expliquer une part de l’héritabilité manquante.
Les récentes avancées dans la technologie du séquençage permettent de tester l’hypothèse « variants rares – maladie fréquente ». Une des approches possibles est de se focaliser sur le séquençage des exons (Whole Exome Sequencing WES), assumant que les variants des parties codantes du génome sont plus pathogènes que ceux présents dans les régions introniques et intergéniques. Notre projet porte sur l’analyse de 32 personnes issues de 8 familles présentant au moins 4 cas de PR. L’analyse WES dans de telles familles nous permettrait de caractériser des variants rares et de les classifier en utilisant différentes analyses intra et inter familiales. Tout d’abord, le séquençage des exons sera réalisé selon la technologie Illumina HiSeq®. Ensuite, les séquences seront analysées pour permettre la lecture des polymorphismes simple base. Toute base divergente sera considérée comme potentielle variation et sera recherchée dans les bases de données existantes. L’effet des variants rares sera évalué en utilisant différents outils de prédiction. Enfin, les analyses intra et inter familiales seront conduites pour identifier les variants rares causals.
Objectifs du projet
Le bénéfice attendu de cette étude est la découverte de variants rares indétectables lors des études menées précédemment et potentiellement causals des formes familiales de PR. De plus, la nature de ces variants pourra guider les études fonctionnelles et contribuera au développement de nouveaux tests de diagnostics ainsi que de nouvelles cibles thérapeutiques. Enfin, cette méthodologie translationnelle pourra s’appliquer à d’autres pathologies rhumatismales dont les causes génétiques sont encore mal connues.
Répartition des dépenses
Répartition financière du projet
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Mots clés : polyarthrite rhumatoïde familiale, séquençage de l’exome entier, variants rares causals
